氷風穴の歴史は古く、元禄年間（1688年～）に凍氷を貯蔵し、藩主に献納したとの記録があり、日本の中で一番古いと言われています。氷の切り出しと保存は、1985年（昭和60年）頃まで続いていました。

その風穴が、明治時代に入ると日本の養蚕業の発展に大きく貢献をすることになります。
明治政府は外貨獲得のために、農家で蚕を育てて繭を取り、各地に製糸工場をつくって、絹糸の生産を広げようとしました。その先駆けとして、明治５年に群馬県に国営の富岡製糸場が造られ、小諸でもそれに続く明治７年にいち早く民間の製糸工場が建設されました。
小諸の町は、製糸業を起爆剤として大きく発展し、明治・大正には長野県下でも有数の商都として、豪商が立ち並ぶ町になりました。
明治中期から長野や群馬の集落の多くで養蚕が始まり、桑畑が広がり、村の家は２階で蚕を飼うための大きな養蚕農家に変わりました。
そして、それまでは年１回の春にしかできなかった飼育が、蚕の卵＝蚕種を風穴に冷蔵保存することで時期をずらして年に4回から5回飼育できる技術が開発され、繭の量産、生糸の大量生産の可能性が大きく広がりました。養蚕業の発展のために、風穴が大きな役割を担うこととなったのです。

明治40年頃には、川邊村（のちに小諸町に編入）の氷と大久保の集落には、４つの蚕種貯蔵会社があり、合計14の風穴が稼働していました。その中のひとつ「小諸風穴」（氷の東側に位置するが今はない）は、全国一の蚕種貯蔵量がありました。
この頃、全国に蚕種を貯蔵する風穴は概ね300ほどありましたが、氷風穴もまた蚕種の取扱高では全国有数でした。
ここで保存された蚕種は、関東の全域、近畿、四国、中国、九州からも注文がありました。
しかし、1930年（昭和５年）の世界大恐慌で生糸の値段が大暴落し、その後の太平洋戦争まで製糸工場は生産の縮小を余儀なくされ、氷風穴も1932年（昭和７年）には、蚕種貯蔵を中止しました。
その後は、タマネギ、リンゴ等の農産物や出荷用の花、漬物などの保存用に使われてきましたが、今、稼働しているのは１基のみです。